22023 - 变异注释 - 2019新型冠状病毒信息库

基因组位置 - 22023

变异信息

变异类型	变异注释类型	碱基变化及病毒株数	效应类型	蛋白名称.位置.氨基酸变化	基因名.CDS位置.序列变化	评估分级	时间方差	地域方差	变异病毒株数
SNP	missense_variant		MODERATE	S:p.154E>V	S:c.461gAa>gTa	V	3.034E-9	2.4355E-6	922
Insertion	frameshift_variant		HIGH	S:p.154E>EX	S:c.461gAa>gAGa	V	3.034E-9	2.4355E-6	922
SNP	coding_sequence_variant		MODIFIER	S:p.154-	S:c.461gAa>gWa	V	3.034E-9	2.4355E-6	922
SNP	coding_sequence_variant		MODIFIER	S:p.154-	S:c.461gAa>gRa	V	3.034E-9	2.4355E-6	922
Deletion	inframe_deletion		MODERATE	S:p.154-157ESEF>D	S:c.461-470gAAAGTGAGTTc>gAc	V	3.034E-9	2.4355E-6	922
Indel	protein_altering_variant		MODERATE	S:p.154-157ESEF>G	S:c.461-470gAAAGTGAGTTc>gGc	V	3.034E-9	2.4355E-6	922
Insertion	frameshift_variant		HIGH	S:p.154E>EX	S:c.461gAa>gAGGa	V	3.034E-9	2.4355E-6	922
Deletion	frameshift_variant		HIGH	S:p.154-165ESEFRVYSSANN>X	S:c.462-495gaAAGTGAGTTCAGAGTTTATTCTAGTGCGAATAAT>ga	V	3.034E-9	2.4355E-6	922
SNP	missense_variant		MODERATE	S:p.154E>G	S:c.461gAa>gGa	V	3.034E-9	2.4355E-6	922
Deletion	inframe_deletion		MODERATE	S:p.154-171ESEFRVYSSANNCTFEYV>D	S:c.462-512gaAAGTGAGTTCAGAGTTTATTCTAGTGCGAATAATTGCACTTTTGAATATGTc>gac	V	3.034E-9	2.4355E-6	922
Deletion	frameshift_variant		HIGH	S:p.154-168ESEFRVYSSANNCTF>DX	S:c.462-502gaAAGTGAGTTCAGAGTTTATTCTAGTGCGAATAATTGCACTTtt>gatt	V	3.034E-9	2.4355E-6	922
SNP	missense_variant		MODERATE	S:p.154E>A	S:c.461gAa>gCa	V	3.034E-9	2.4355E-6	922
SNP	coding_sequence_variant		MODIFIER	S:p.154-	S:c.461gAa>gMa	V	3.034E-9	2.4355E-6	922
Deletion	inframe_deletion		MODERATE	S:p.154-175ESEFRVYSSANNCTFEYVSQPF>D	S:c.462-524gaAAGTGAGTTCAGAGTTTATTCTAGTGCGAATAATTGCACTTTTGAATATGTCTCTCAGCCTTTt>gat	V	3.034E-9	2.4355E-6	922

时间频率

地域频率

变异位点动态曲线

相关病毒株

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病毒株名	序列号	性别	年龄	数据来源	相关ID	谱系	序列完整度	序列长度	序列质量	质量评估	宿主	采样日期	采样地点	样本提供单位	递交时间	数据递交单位	发布时间	国家/地区	省市区	最后更新时间

根据突变在高质量序列中出现的次数和变异分布对变异位点进行了分级（I-III，其中I级变异的群体发生率大于0.05；II级变异落在高密度区，III级变异的群体发生率小于0.05。）详细判断见下表:

群体发生频率	突变密集区间	变异级别
>=0.05	NO	I
>=0.05	Yes（多样本导致）	I
>=0.05	Yes（单样本导致）	II
0.01~0.05	NO	II
0.01~0.05	Yes（多样本导致）	II
0.01~0.05	Yes（单样本导致）	III
<0.01		III