National Genomics Data Center

北京基因组所(国家生物信息中心)发布更新版新型冠状病毒信息库2019nCoVR

NGDC  Jan 7, 2021


2020年12月28日,中国科学院北京基因组研究所(国家生物信息中心)抗疫攻关团队在国际学术期刊Genomics, Proteomics & Bioinformatics在线发表题为“The Global Landscape of SARS-CoV-2 Genomes, Variants, and Haplotypes in 2019nCoVR”的文章,系统介绍新型冠状病毒(简称新冠病毒)信息库2019nCoVR更新版主要内容。 

  2019年12月底新冠病毒肺炎疫情暴发,为支撑国内外科学研究、疫情防控等工作,国家生物信息中心率先成立抗疫攻关团队,开展新冠病毒基因组信息整合与变异注释分析,于2020年1月22日发布新冠病毒信息库2019nCoVR。这一工作被写入国务院新闻办公室发布的《抗击新冠肺炎疫情的中国行动》白皮书。第一版数据库发布之后(相关文章于2020年2月12日在《遗传》杂志中文版发表),抗疫攻关团队不断优化改进变异注释与分析方法,丰富完善数据库功能。 

  2019nCoVR收集整合国内外多个数据库的新冠病毒基因组数据,提供实时、全面的新冠病毒基因组元信息、数据质量评估、全球分布与统计等,通过人工审编和自动化质量评估,补充增值注释信息。在此基础上,2019nCoVR分析高质量的全长人源病毒基因组数据,注释新冠病毒基因组变异,获得全球范围内新冠病毒基因组变异图谱,基于采样时间和国家进行变异动态展示并构建单倍型网络,监测新冠病毒的时空传播。 

  截至2021年1月4日,2019nCoVR数据库已为全球175个国家/地区的近20万用户提供数据服务,访问量超50万次,累计数据下载超过2.2亿条,有效支撑了北京新发地疫情分子溯源、巴基斯坦国内新冠病毒传播演化分析等工作,在全球抗疫过程中发挥了重要作用。 

  北京基因组所(国家生物信息中心)的宋述慧和马利娜副研究员,以及邹东、田东梅、李翠萍、朱军伟工程师为该文共同第一作者,鲍一明研究员、薛勇彪研究员、赵文明正高级工程师、章张研究员为该文共同通讯作者。本研究得到了国家科技部重点研发计划,以及中科院战略先导专项、信息化专项、青促会等项目支持。 

单倍型网络与谱系分布(截至2020年7月14日)。A. 单倍型网络动态显示单倍型(I)在各国(II)和随时间(III)的发展情况;B. 9大谱系结构图;C. 9大谱系关系示意图;D. 9大谱系在各大洲的比例分布;E. 9大谱系与SLG分类之间的关系。