国家生物信息中心
2019新型冠状病毒信息库

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2019新型冠状病毒信息库 (2019nCoVR)

在线工具

目前仅支持2019-nCoV作为reference的在线变异鉴定。输入文件必须是fasta格式的病毒全基因组序列,不支持片段序列分析。参数说明:
1)NC - 输入fasta序列中允许的N碱基的最大值,默认值是15;
2)SC - 输入fasta序列中允许的简并碱基的最大值,默认值是50。

上传文件
NC
SC
运行
输入文件格式
>BetaCoV/Wuhan/IVDC-HB-01/2019 EPI_ISL_402119 ATTAAAGGTTTATACCTTCCCAGGTAACAAACCAACCAACTTTCGATCTCTTGTAGA TCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAG TGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAAC TCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTGTTGCAGCCGATCATCAGC ACATCTAGGTTTCGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTCCCTGG TTTCAACGAGAAAACACACGTCCAACTCAGTTTGCCTGTTTTACAGGTTCGCGACGT GCTCGTACGTGGCTTTGGAGACTCCGTGGAGGAGGTCTTATCAGAGGCACGTCAGCT TAACGGAGGGGCATACACTCGCTATGTCGATAACAACTTCTGTGGCCCTGATGGCTA

目前仅支持2019-nCoV作为reference的在线注释。输入文件以tab隔开,第一列是reference的染色体,即2019-nCoV;第二列是reference的起始位置;第三列是reference的终止位置;第四列用户研究的毒株在该位置的突变碱基。

运行
输入文件格式
#Reference Start position End position Base
2019-nCoV 1 1 T
2019-nCoV 10 10 C
2019-nCoV 1 2 TT
2019-nCoV 1 2 A
2019-nCoV 490 490 C