S蛋白突变位点分析与结构展示

Version 2.2

Spike蛋白结构(PDB_ID: 6VSB)

Spike为三聚体，如下图所示ABC三条相同链组成，分别为用蓝色，黄色，绿色显示。此外，Spike蛋白与其受体人ACE2结合片段为residues: 336-516，3条链均有此片段，统一用青色显示。

SARS_COV_2的Spike序列突变分析

突变名称	病毒株数	在ACE2结合区域	是否关键互作氨基酸	基因组位置
2F>V/YX/L	16	NO	NO	21566
2F>Y	3	NO	NO	21567
2F>L	34	NO	NO	21568
3V>I/VX/VF/F	45	NO	NO	21569
3V>G	326	NO	NO	21570
4F>L	4	NO	NO	21572
4F>S	5	NO	NO	21573
5L>I/F/V	7816	NO	NO	21575
6V>I/F/L	221	NO	NO	21578
6V>A/G/D	204	NO	NO	21579
7L>V	6	NO	NO	21581
7L>S	10	NO	NO	21582
7L>F	342	NO	NO	21583
8L>V	19	NO	NO	21584
8L>W/S	10	NO	NO	21585
8L>F	64	NO	NO	21586
9P>S/T	101	NO	NO	21587
9P>R/L/Q	130	NO	NO	21588
10L>I/X	158	NO	NO	21590
10L>Q/R	4	NO	NO	21591
11V>I/L/F	52	NO	NO	21593
11V>A	8	NO	NO	21594
12S>P	13	NO	NO	21596
12S>F/C/Y	1032	NO	NO	21597
13S>C/G	4	NO	NO	21599
13S>T/I/N	2442	NO	NO	21600
14Q>E/K	9	NO	NO	21602
14Q>L/R	26	NO	NO	21603
14Q>H	157	NO	NO	21604
15C>R	5	NO	NO	21605
15C>F/X/S	46	NO	NO	21606
16V>I/ATLRI/F	73	NO	NO	21608
16V>A/G	8	NO	NO	21609
17N>D/Y	5	NO	NO	21611
17N>S/T/I	14	NO	NO	21612
17N>K	20	NO	NO	21613
18L>I/F	39118	NO	NO	21614
18L>R	3	NO	NO	21615
19T>S/A	9	NO	NO	21617
19T>R/K/I	265	NO	NO	21618
20T>P/A/S/TRTQLPPAYTNSFTRGVYS	17	NO	NO	21620
20T>N/S/I	921	NO	NO	21621
21R>G	31	NO	NO	21623
21R>K/I/T	1331	NO	NO	21624
21R>S	103	NO	NO	21625
22T>S/P/A	23	NO	NO	21626
22T>N/I	547	NO	NO	21627
23Q>K	15	NO	NO	21629
23Q>R/L	51	NO	NO	21630
23Q>H	637	NO	NO	21631
24L>V/I	15	NO	NO	21632
24L>S	32	NO	NO	21633
24L>F/LX	9	NO	NO	21634
25P>T/S	362	NO	NO	21635
25P>L/H	122	NO	NO	21636
26P>T/S	1267	NO	NO	21638
26P>L/H/R	526	NO	NO	21639
27A>T/S/P	403	NO	NO	21641
27A>V/E	205	NO	NO	21642
28Y>N/H	165	NO	NO	21644
28Y>F/C	4	NO	NO	21645
29T>A/S	15	NO	NO	21647
29T>I/S	579	NO	NO	21648
30N>Y/H	36	NO	NO	21650
30N>I/S/T	38	NO	NO	21651
30N>K	22	NO	NO	21652
31S>F	17	NO	NO	21654
32F>L/I	54	NO	NO	21656
32F>S/Y	6	NO	NO	21657
32F>L	479	NO	NO	21658
33T>S/A	7	NO	NO	21659
33T>R/K/I	170	NO	NO	21660
34R>C	2	NO	NO	21662
34R>L	13	NO	NO	21663
35G>V	54	NO	NO	21666
36V>I/F/L	41	NO	NO	21668
36V>A	3	NO	NO	21669
38Y>C	1	NO	NO	21675
39P>S/T	4	NO	NO	21677
39P>L	2	NO	NO	21678
40D>N	1	NO	NO	21680
41K>E	3	NO	NO	21683
41K>I/R	5	NO	NO	21684
41K>N	3	NO	NO	21685
42V>I/F	9	NO	NO	21686
45S>P	4	NO	NO	21695
45S>Y/F	6	NO	NO	21696
46S>A/P	18	NO	NO	21698
46S>L/*	23	NO	NO	21699
47V>F/I	53	NO	NO	21701
47V>D/A	4	NO	NO	21702
48L>S	1	NO	NO	21705
49H>Y/N	1073	NO	NO	21707
49H>L	1	NO	NO	21708
50S>T/P/A	12	NO	NO	21710
50S>L	62	NO	NO	21711
51T>A	2	NO	NO	21713
51T>I	313	NO	NO	21714
52Q>K/E	19	NO	NO	21716
52Q>R/L	175	NO	NO	21717
52Q>H	114	NO	NO	21718
53D>N	6	NO	NO	21719
53D>G	5	NO	NO	21720
54L>S	1	NO	NO	21723
54L>F	1564	NO	NO	21724
55F>L	3	NO	NO	21725
55F>Y	3	NO	NO	21726
57P>S	6	NO	NO	21731
57P>L/PX	5	NO	NO	21732
59F>L	3	NO	NO	21737
59F>Y/S	119	NO	NO	21738
61N>D	1	NO	NO	21743
61N>S	2	NO	NO	21744
61N>K	19	NO	NO	21745
62V>I/F/L	65	NO	NO	21746
62V>D	2	NO	NO	21747
63T>S/A/P	7	NO	NO	21749
63T>N/I	17	NO	NO	21750
64W>R/G	63	NO	NO	21752
64W>*/L	31	NO	NO	21753
64W>C	63	NO	NO	21754
65F>L	6	NO	NO	21755
65F>S	4	NO	NO	21756
65F>L	205	NO	NO	21757
66H>Y/N	3	NO	NO	21758
66H>P/R/L	23	NO	NO	21759
66H>Q	142	NO	NO	21760
67A>T/S/GS	312	NO	NO	21761
67A>D/V	652	NO	NO	21762
68I>L/X	89330	NO	NO	21764
68I>K/R/T/X	51	NO	NO	21765
68I>M	41	NO	NO	21766
69H>D/N/Y	218	NO	NO	21767
69H>L/P/R	31	NO	NO	21768
69H>Q	48	NO	NO	21769
70V>F/L/I/VI	193	NO	NO	21770
70V>A	20	NO	NO	21771
71S>P/T	96	NO	NO	21773
71S>Y/F	167	NO	NO	21774
72G>R/W	269	NO	NO	21776
72G>V/E	121	NO	NO	21777
73T>A	6	NO	NO	21779
73T>I/N	42	NO	NO	21780
74N>Y/D	10	NO	NO	21782
74N>S/T	4	NO	NO	21783
74N>K	30	NO	NO	21784
75G>S/R/C	552	NO	NO	21785
75G>A/D/V	361	NO	NO	21786
76T>A	11	NO	NO	21788
76T>N/I/S	394	NO	NO	21789
77K>M/R	38	NO	NO	21792
77K>N	71	NO	NO	21793
78R>G	14	NO	NO	21794
78R>K/M	80	NO	NO	21795
78R>S	76	NO	NO	21796
79F>I/V/L	18	NO	NO	21797
79F>S	1	NO	NO	21798
79F>L	11	NO	NO	21799
80D>N/H/Y	1457	NO	NO	21800
80D>V/G/A	552	NO	NO	21801
80D>E	147	NO	NO	21802
81N>Y	3	NO	NO	21803
82P>S	4	NO	NO	21806
82P>H/L	36	NO	NO	21807
83V>F/L/I	103	NO	NO	21809
83V>A	4	NO	NO	21810
84L>I/V	309	NO	NO	21812
85P>S/T	12	NO	NO	21815
85P>L	7	NO	NO	21816
86F>Y/S	5	NO	NO	21819
87N>Y/D	3	NO	NO	21821
87N>S	3	NO	NO	21822
87N>K	111	NO	NO	21823
88D>N/H/Y	105	NO	NO	21824
88D>V/G/A	5	NO	NO	21825
88D>E	21	NO	NO	21826
90V>I/F/L	247	NO	NO	21830
92F>L/I	2	NO	NO	21836
93A>S	23	NO	NO	21839
93A>G/V	2	NO	NO	21840
94S>T/P/A	17	NO	NO	21842
94S>F/C	75	NO	NO	21843
95T>A	18	NO	NO	21845
95T>N/S/I	1586	NO	NO	21846
96E>K/Q	51	NO	NO	21848
96E>G/A	70	NO	NO	21849
96E>D	336	NO	NO	21850
97K>E/Q	16	NO	NO	21851
97K>M/T/R	18	NO	NO	21852
97K>N	89	NO	NO	21853
98S>P	22	NO	NO	21854
98S>Y/F/C	7922	NO	NO	21855
99N>D	30	NO	NO	21857
99N>S	5	NO	NO	21858
99N>K	363	NO	NO	21859
100I>V/L	39	NO	NO	21860
100I>T	18	NO	NO	21861
100I>M	2	NO	NO	21862
101I>L/V	11	NO	NO	21863
101I>T	10	NO	NO	21864
101I>M	5	NO	NO	21865
102R>G	29	NO	NO	21866
102R>T/K/I	243	NO	NO	21867
102R>S	143	NO	NO	21868
103G>C	1	NO	NO	21869
103G>A	2	NO	NO	21870
104W>L	9	NO	NO	21873
104W>C	8	NO	NO	21874
105I>L/V	28	NO	NO	21875
105I>T	1	NO	NO	21876
105I>M	4	NO	NO	21877
107G>C	7	NO	NO	21881
108T>I	6	NO	NO	21885
109T>A	9	NO	NO	21887
109T>S	3	NO	NO	21888
110L>F	63	NO	NO	21892
111D>N	162	NO	NO	21893
112S>P	13	NO	NO	21896
112S>L	52	NO	NO	21897
113K>E	1	NO	NO	21899
113K>R	2	NO	NO	21900
113K>N	93	NO	NO	21901
114T>S/A	2	NO	NO	21902
115Q>H	17	NO	NO	21907
116S>C	2	NO	NO	21909
117L>I	98	NO	NO	21911
118L>I/F	103	NO	NO	21914
119I>V	62	NO	NO	21917
120V>F/I	27	NO	NO	21920
120V>A	1	NO	NO	21921
121N>D	12	NO	NO	21923
121N>I/T	4	NO	NO	21924
122N>S	2	NO	NO	21927
122N>K	153	NO	NO	21928
123A>S/T	7	NO	NO	21929
123A>V	12	NO	NO	21930
124T>A	1	NO	NO	21932
124T>I/S/N	14	NO	NO	21933
125N>H	1	NO	NO	21935
125N>S	24	NO	NO	21936
126V>F/I	13	NO	NO	21938
126V>G/A	4	NO	NO	21939
127V>F/I	83	NO	NO	21941
127V>A	12	NO	NO	21942
128I>F/V	19	NO	NO	21944
129K>R	1	NO	NO	21948
129K>N	22	NO	NO	21949
130V>F/L	16	NO	NO	21950
130V>A/G	3	NO	NO	21951
132E>K/Q	49	NO	NO	21956
132E>A	18	NO	NO	21957
132E>D	8	NO	NO	21958
134Q>E	1	NO	NO	21962
134Q>L/R	6	NO	NO	21963
134Q>H	14	NO	NO	21964
135F>L/I	9	NO	NO	21965
136C>G/R	7	NO	NO	21968
136C>Y	4	NO	NO	21969
137N>Y/D	7	NO	NO	21971
137N>S	22	NO	NO	21972
137N>K	65	NO	NO	21973
138D>H/Y/N	1994	NO	NO	21974
138D>A/G	22	NO	NO	21975
139P>S	7	NO	NO	21977
139P>L	9	NO	NO	21978
140F>L/V	69	NO	NO	21980
140F>S	84	NO	NO	21981
140F>L	35	NO	NO	21982
141L>V	56	NO	NO	21983
141L>F	129	NO	NO	21985
142G>S/C	364	NO	NO	21986
142G>A/D/X/V	159	NO	NO	21987
143V>X/F/I/L	1488	NO	NO	21989
143V>VX/D/G	82047	NO	NO	21990
144Y>H/X	32	NO	NO	21992
144Y>F/C/S	43	NO	NO	21993
145Y>D/N/H	60	NO	NO	21995
146H>N/Y	526	NO	NO	21998
146H>L/R	21	NO	NO	21999
146H>Q	978	NO	NO	22000
147K>E/Q	9	NO	NO	22001
147K>T/I/R	9	NO	NO	22002
147K>N/KN	21	NO	NO	22003
148N>H/Y/D	22	NO	NO	22004
148N>S/T	42	NO	NO	22005
148N>K	162	NO	NO	22006
149N>Y/H/D	27	NO	NO	22007
149N>S/T	3	NO	NO	22008
150K>E/Q	3	NO	NO	22010
150K>I/R	25	NO	NO	22011
150K>N	24	NO	NO	22012
151S>G/R	50	NO	NO	22013
151S>I/N/T	155	NO	NO	22014
151S>R	4	NO	NO	22015
152W>R/G	197	NO	NO	22016
152W>L	233	NO	NO	22017
152W>C	2284	NO	NO	22018
153M>L/V	54	NO	NO	22019
153M>K/T	3268	NO	NO	22020
153M>I	583	NO	NO	22021
154E>K/Q	61	NO	NO	22022
154E>V/G/A	24	NO	NO	22023
154E>D	10	NO	NO	22024
155S>G/R	29	NO	NO	22025
155S>N/T/I	69	NO	NO	22026
155S>R	13	NO	NO	22027
156E>Q/K	40	NO	NO	22028
156E>V/G/A	79	NO	NO	22029
156E>D	92	NO	NO	22030
157F>L	13	NO	NO	22031
157F>Y/S	151	NO	NO	22032
157F>L	587	NO	NO	22033
158R>G	19	NO	NO	22034
158R>I/K	12	NO	NO	22035
158R>S	12	NO	NO	22036
159V>I/F	20	NO	NO	22037
159V>A	3	NO	NO	22038
160Y>LD/N/H	8	NO	NO	22040
161S>T/A	4	NO	NO	22043
161S>Y	1	NO	NO	22044
162S>G	1	NO	NO	22046
162S>N/I	34	NO	NO	22047
162S>R	7	NO	NO	22048
163A>T/S	10	NO	NO	22049
163A>E/V/G	28	NO	NO	22050
164N>D/H	5	NO	NO	22052
164N>T/I/S	471	NO	NO	22053
165N>H	3	NO	NO	22055
167T>S	3	NO	NO	22061
167T>I/S	7	NO	NO	22062
168F>L	2	NO	NO	22064
168F>L	3	NO	NO	22066
169E>K	6	NO	NO	22067
169E>D	13	NO	NO	22069
170Y>D/H	12	NO	NO	22070
171V>L/F/I	45	NO	NO	22073
171V>D/G/A	12	NO	NO	22074
172S>A	5	NO	NO	22076
172S>F/Y	6	NO	NO	22077
173Q>K/E	325	NO	NO	22079
173Q>P/R/L	13	NO	NO	22080
173Q>H	45	NO	NO	22081
174P>T/S	55	NO	NO	22082
174P>PF/L/H/R	12	NO	NO	22083
175F>I/L/V	6	NO	NO	22085
175F>FLMDLEGKQGNFKN/S/C	22	NO	NO	22086
175F>L	4	NO	NO	22087
176L>I/F	1168	NO	NO	22088
176L>R/H/P	3	NO	NO	22089
177M>V	10	NO	NO	22091
177M>K/T	38	NO	NO	22092
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1214W>L	5	NO	NO	25203
1214W>C	3	NO	NO	25204
1216I>V/L/F	30	NO	NO	25208
1216I>T/S	30	NO	NO	25209
1216I>M	16	NO	NO	25210
1217W>L	5	NO	NO	25212
1217W>C	2	NO	NO	25213
1218L>P	2	NO	NO	25215
1219G>S/C	1116	NO	NO	25217
1219G>D/V/X/A	455	NO	NO	25218
1220F>L/I	6	NO	NO	25220
1221I>V	7	NO	NO	25223
1221I>T	22	NO	NO	25224
1221I>M	12	NO	NO	25225
1222A>P	2	NO	NO	25226
1222A>V	13	NO	NO	25227
1223G>S/C	173	NO	NO	25229
1223G>V	2	NO	NO	25230
1224L>V/M	26	NO	NO	25232
1224L>S	25	NO	NO	25233
1224L>F	999	NO	NO	25234
1225I>L/F/V	167	NO	NO	25235
1225I>S/T	4	NO	NO	25236
1226A>T	1	NO	NO	25238
1226A>V	13	NO	NO	25239
1227I>L/V	8	NO	NO	25241
1227I>T	4	NO	NO	25242
1227I>M	102	NO	NO	25243
1228V>L/I	844	NO	NO	25244
1228V>A	31	NO	NO	25245
1229M>L/V	32	NO	NO	25247
1229M>K/T	120	NO	NO	25248
1229M>I	494	NO	NO	25249
1230V>L/M	41	NO	NO	25250
1230V>A/E	10	NO	NO	25251
1231T>A/S	45	NO	NO	25253
1231T>I	18	NO	NO	25254
1232I>L/F	17	NO	NO	25256
1232I>S/T	15	NO	NO	25257
1233M>V/L	18	NO	NO	25259
1233M>T	16	NO	NO	25260
1233M>I	11	NO	NO	25261
1234L>F/LX/I	57	NO	NO	25262
1235C>S/G	9	NO	NO	25265
1235C>F	247	NO	NO	25266
1236C>S	56	NO	NO	25268
1236C>F/S	64	NO	NO	25269
1237M>V/L	42	NO	NO	25271
1237M>R/T	409	NO	NO	25272
1237M>I	429	NO	NO	25273
1238T>P/A	9	NO	NO	25274
1238T>I/N	97	NO	NO	25275
1239S>G/C	4	NO	NO	25277
1239S>N/T/I	25	NO	NO	25278
1240C>R/S	4	NO	NO	25280
1240C>Y/F	26	NO	NO	25281
1241C>F/Y	9	NO	NO	25284
1242S>G/C	6	NO	NO	25286
1242S>T/N/X/I	62	NO	NO	25287
1242S>R	12	NO	NO	25288
1243C>G	2	NO	NO	25289
1243C>F/S/Y	178	NO	NO	25290
1244L>F/I	31	NO	NO	25292
1244L>P	3	NO	NO	25293
1245K>Q	1	NO	NO	25295
1245K>R/T	18	NO	NO	25296
1245K>N	72	NO	NO	25297
1246G>S/C	18	NO	NO	25298
1246G>D/V/A	12	NO	NO	25299
1247C>R/G	8	NO	NO	25301
1247C>S/Y/F	294	NO	NO	25302
1248C>R/S	9	NO	NO	25304
1248C>S/Y/F	45	NO	NO	25305
1249S>A/P	9	NO	NO	25307
1249S>F/Y	24	NO	NO	25308
1250C>S/R	3	NO	NO	25310
1250C>F/Y	259	NO	NO	25311
1251G>R	26	NO	NO	25313
1251G>A/V/E	211	NO	NO	25314
1252S>T/A/P	57	NO	NO	25316
1252S>F/Y/C	716	NO	NO	25317
1253C>G	1	NO	NO	25319
1253C>Y/F	248	NO	NO	25320
1254C>S/CKF/F	54	NO	NO	25323
1255K>T/R	6	NO	NO	25326
1255K>N	69	NO	NO	25327
1256F>Y	4	NO	NO	25329
1256F>L	1	NO	NO	25330
1257D>Y/H	2	NO	NO	25331
1257D>E	27	NO	NO	25333
1258E>Q/*	12	NO	NO	25334
1258E>A/V	8	NO	NO	25335
1258E>D	54	NO	NO	25336
1259D>N/Y/H	127	NO	NO	25337
1259D>V/A	5	NO	NO	25338
1259D>E/DDRCI	137	NO	NO	25339
1260D>Y/H/N	185	NO	NO	25340
1260D>A/G	5	NO	NO	25341
1260D>E	24	NO	NO	25342
1261S>A/P	3	NO	NO	25343
1261S>Y/F	45	NO	NO	25344
1262E>Q/*/K	10	NO	NO	25346
1262E>A/G	19	NO	NO	25347
1262E>D	93	NO	NO	25348
1263P>T/A/S	71	NO	NO	25349
1263P>L/Q/R	761	NO	NO	25350
1264V>M/L	512	NO	NO	25352
1264V>A	4	NO	NO	25353
1265L>F	16	NO	NO	25355
1265L>P/H/R	10	NO	NO	25356
1266K>*/Q	2	NO	NO	25358
1266K>R/I	39	NO	NO	25359
1266K>N	15	NO	NO	25360
1267G>*/R	31	NO	NO	25361
1267G>E/V	22	NO	NO	25362
1268V>I/L/F	18	NO	NO	25364
1268V>A	8	NO	NO	25365
1269K>Q	3	NO	NO	25367
1269K>R	2	NO	NO	25368
1269K>N	7	NO	NO	25369
1270L>S	3	NO	NO	25371
1271H>Y	9	NO	NO	25373
1272Y>H	22	NO	NO	25376
1272Y>F	13	NO	NO	25377
1273T>S	4	NO	NO	25379
1273T>I	22	NO	NO	25380

突变位点在蛋白结构上的标注

突变株数最高的三个位点已在图一中标出。为更清晰的展示其它突变位点，我们在spike蛋白A链三维结构各个角度截图展示。(ABC三个链序列相同，但在三级结构上看有些许差异)

国家生物信息中心
2019新型冠状病毒信息库

国家生物信息中心
2019新型冠状病毒信息库 (2019nCoVR)

S蛋白突变位点分析与结构展示

Spike蛋白结构(PDB_ID: 6VSB)

SARS_COV_2的Spike序列突变分析

突变位点在蛋白结构上的标注

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国家生物信息中心 2019新型冠状病毒信息库 (2019nCoVR)

S蛋白突变位点分析与结构展示

Spike蛋白结构(PDB_ID: 6VSB)

SARS_COV_2的Spike序列突变分析

突变位点在蛋白结构上的标注

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