S蛋白突变位点分析与结构展示 - 2019新型冠状病毒信息库

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2019新型冠状病毒信息库 (2019nCoVR)

S蛋白突变位点分析与结构展示

Spike蛋白结构(PDB_ID: 6VSB)

Spike为三聚体,如下图所示ABC三条相同链组成,分别为用蓝色,黄色,绿色显示。 此外,Spike蛋白与其受体人ACE2结合片段为residues: 336-516,3条链均有此片段,统一用青色显示。

图1: Spike蛋白结构及前三位变异位点

SARS_COV_2的Spike序列突变分析

目前收集到的病毒株序列,在S蛋白共有72个突变位点。其中两株以上且引起氨基酸变化的突变共14个,整理在下表。其中,D614G突变株数远高于其它位点,但并不在与ACE2的结合区中。

突变名称 病毒株数 在ACE2结合区域 基因组位置
D614G 287 NO 23403
V367F 6 YES 22661
H49Y 6 NO 21707
V483A 12 YES 23010
F32I/V 2 NO 21656
Q219K 6 NO 22277
M153T 2 NO 22020
Y143_del 3 NO 21990
P1263L 3 NO 25350
C1254F 2 NO 25323
V1040F 2 NO 24680
S940F 2 NO 24381
S939F 2 NO 24378
L8V 6 NO 21584

突变位点在蛋白结构上的标注

突变株数最高的三个位点已在图一中标出。为更清晰的展示其它突变位点,我们在spike蛋白A链三维结构各个角度截图展示。(ABC三个链序列相同,但在三级结构上看有些许差异)

... Spike蛋白A链及突变位点展示
... 左旋180°
... 左旋90°
... 右旋180°
... 下旋90°
... 下旋180°