在线工具 - 2019新型冠状病毒信息库

国家生物信息中心
2019新型冠状病毒信息库

国家生物信息中心
2019新型冠状病毒信息库 (2019nCoVR)

变异鉴定

功能描述

      变异检测(Fastq-to-Variants)可将NGS二代测序原始数据与新冠病毒基因组进行序列比对,检测样本中含有的新冠病毒序列,分析测序数据对新冠病毒基因组的覆盖度、测序深度、错误率等信息,检测SNP/indel变异位点并进行功能注释。

测序类型:

上传单端文件

样品名称:

样品名称

此流程目前仅支持illumina测序数据,后续计划部署三代测序数据分析流程(PacBio /Nanopore);建议上传gzip压缩文件以减少上传时间。

邮件地址(当计算时间较长时,通过邮件通知计算结果
邮箱
 
邮件主题
运行
提示:目前队列运行的任务有个,排队任务有个;预计处理时间参考下面表格结果
数据处理流程
结果示例
运行参考时间:

      运行参考时间为服务器系统在空闲状态下,采用真实数据集测试出的运行时间(不包含数据上传至服务器的时间),实际递交任务的运行时间取决于系统的负荷状况、数据集的大小及数据的质量等因素。

Data1Data2Data3Data4Data5
测序量118M1.0G1.5G2.2G8.0G
计算时间*0m37s0m55s1m10s1m36s3m42s
数据编号SRR11247077SRR11092064 SRR11092057SRR11092058SRR10971381

*按使用24 CPU核

功能描述

此工具可检测用户提交的新冠病毒基因组序列中存在的变异位点,目前仅支持以SARS-CoV-2作为参照基因组序列(NC_045512.2)。输入文件必须是fasta格式的病毒全基因组序列,一次可最多提交10个毒株的基因组序列,不支持基因组片段序列分析。

上传文件
NC
SC
运行
输入文件格式 (FASTA)
>BetaCoV/Wuhan/IVDC-HB-01/2019 EPI_ISL_402119 ATTAAAGGTTTATACCTTCCCAGGTAACAAACCAACCAACTTTCGATCTCTTGTAGA TCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAG TGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAAC TCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTGTTGCAGCCGATCATCAGC ACATCTAGGTTTCGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTCCCTG
参数说明

1)NC - 输入fasta序列中允许的N碱基的最大值,默认值是15;
2)SC - 输入fasta序列中允许的简并碱基的最大值,默认值是50。