在线工具 - 2019新型冠状病毒信息库

国家生物信息中心
2019新型冠状病毒信息库

国家生物信息中心
2019新型冠状病毒信息库 (2019nCoVR)

变异鉴定

功能描述

      变异检测(Fastq-to-Variants)可将NGS二代测序原始数据与新冠病毒基因组进行序列比对,检测样本中含有的新冠病毒序列,分析测序数据对新冠病毒基因组的覆盖度、测序深度、错误率等信息,检测SNP/indel变异位点并进行功能注释。

上传参照基因组

NC_045512

上传fastq格式文件

测序类型:

上传单端文件

样品名称:

样品名称

此流程目前仅支持illumina测序数据,后续计划部署三代测序数据分析流程(PacBio /Nanopore);建议上传gzip压缩文件以减少上传时间。

或者填写GSA中的相关CRR编号

CRR Accession

SARS-CoV-2的CRR数据列表在GSA如下链接中: https://bigd.big.ac.cn/gsa/browse/run/?tag=Coronaviridae

邮件地址(当计算时间较长时,通过邮件通知计算结果
邮箱
 
邮件主题
运行
提示:目前队列运行的任务有个,排队任务有个;预计处理时间参考下面表格结果
数据处理流程
结果示例
帮助文档
1. 运行参考时间:

      运行参考时间为服务器系统在空闲状态下,采用真实数据集测试出的运行时间(不包含数据上传至服务器的时间),实际递交任务的运行时间取决于系统的负荷状况、数据集的大小及数据的质量等因素。

Data1Data2Data3Data4Data5
测序量118Mb1.0Gb1.5Gb2.2Gb8.0Gb
计算时间*0m37s0m55s1m10s1m36s3m42s
数据编号SRR11247077SRR11092064 SRR11092057SRR11092058SRR10971381

*按使用24 CPU核

功能描述

病毒基因组在线变异鉴定工具,可对用户提交的病毒基因组序列进行在线变异鉴定。该工具支持以SARS-CoV-2作为参照基因组序列(NC_045512),同时支持用户提交参照基因组序列(fasta格式)。以SARS-CoV-2作为参照基因组序列时,工具会对变异信息进行更具体的注释。另外,该工具不仅支持病毒全基因组序列的变异鉴定,同时还支持基因组片段序列的变异鉴定分析。
该工具要求输入fasta格式的病毒序列文件,支持一次提交多条序列计算,但是要求全部序列以fasta格式存放在同一个文件中。

上传参照基因组

NC_045512
上传文件
NC
SC
邮件地址(当计算时间较长时,通过邮件通知计算结果
邮箱
 
邮件主题
运行
提示:目前队列运行的任务有个,排队任务有个;预计处理时间参考下面表格结果
输入文件格式 (FASTA)
>BetaCoV/Wuhan/IVDC-HB-01/2019 EPI_ISL_402119 ATTAAAGGTTTATACCTTCCCAGGTAACAAACCAACCAACTTTCGATCTCTTGTAGA TCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAG TGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAAC TCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTGTTGCAGCCGATCATCAGC ACATCTAGGTTTCGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTCCCTG ATTAAAGGTTTATACCTTCCCAGGTAACAAACCAACCAACTTTCGATCTCTTGTAGA TCTGTTCTCTAAACGAACTTTAAAATCTGTGTGGCTGTCACTCGGCTGCATGCTTAG TGCACTCACGCAGTATAATTAATAACTAATTACTGTCGTTGACAGGACACGAGTAAC TCGTCTATCTTCTGCAGGCTGCTTACGGTTTCGTCCGTGTTGCAGCCGATCATCAGC ACATCTAGGTTTCGTCCGGGTGTGACCGAAAGGTAAGATGGAGAGCCTTGTCCCTG
参数说明

1)NC - 病毒序列进行变异分析时要求限制未知碱基(N)的最大个数,默认值是15。序列文件中未知碱基(N)的个数超过该参数设定值时,不对该序列文件进行变异分析;
2)SC - 病毒序列进行变异分析时要求限制简并碱基的最大个数,默认值是50。序列文件中简并碱基的个数超过该参数设定值时,不对该序列文件进行变异分析。