在线工具 - 2019新型冠状病毒信息库

国家生物信息中心
2019新型冠状病毒信息库

国家生物信息中心
2019新型冠状病毒信息库 (2019nCoVR)

De novo-Assembly

功能描述

      序列组装(De novo-Assembly)可将NGS二代测序原始数据进行序列拼接,拼接得到的序列与新冠病毒参考基因组进行BLASTN比对,检测样本组装结果中含有的新冠病毒序列,评估组装结果,分析比对上新冠病毒基因组的序列覆盖度、测序深度等。

测序类型:

上传单端文件

此流程目前仅支持illumina测序数据,后续计划部署三代测序数据分析流程(PacBio /Nanopore);建议上传gzip压缩文件以减少上传时间。

邮件地址(当计算时间较长时,通过邮件通知计算结果)
邮箱
 
邮件主题
运行
提示:目前队列运行的任务有个,排队任务有个;预计处理时间参考下面表格结果
数据处理流程
结果示例
运行参考时间:

      运行参考时间为服务器系统在空闲状态下,采用真实数据集测试出的运行时间(不包含数据上传至服务器的时间),实际递交任务的运行时间取决于系统的负荷状况、数据集的大小及数据的质量等因素。

Data1Data2Data3Data4Data5Data6
单/双端SINGLEPAIREDPAIREDPAIREDPAIREDPAIRED
测序量118Mb203Mb1.0Gb1.5Gb2.2Gb8.0Gb
计算时间*1m34s1m48s23m12s41m18s1h5m28s41m12s
数据编号SRR11247077SRR10903402SRR11092064SRR11092057SRR11092058SRR10971381

*按使用10线程,50G内存