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2019新型冠状病毒信息库

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2019新型冠状病毒信息库 (2019nCoVR)

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更新3181个病毒株的采样时间 [2021-02-09]
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病毒基因组单倍型网络

基于现有可获取的高质量新冠病毒基因组序列变异，分别构建世界及中国的核苷酸单倍型图谱。
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系统演化树

基于现有可获取的高质量新冠病毒基因组序列变异，采用贝叶斯进化分析构建系统演化树。
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S蛋白突变位点分析与结构展示

结合S基因的变异信息和S蛋白的结构信息，注释出引起氨基酸变化的突变位点在蛋白结构中的位置。
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变异位点动态曲线

数据资源

NCBI新冠病毒资源库 EBI新冠病毒数据库 全球共享流感数据倡议组织(GISAID) 国家微生物科学数据中心(NMDC)

权威机构

中国疾控中心 世界卫生组织（WHO） 美国疾控中心 约翰霍普金斯大学

科普知识

冠状病毒 2019新型冠状病毒 SARS病毒 MERS病毒

文献资源

LitCovid EuropePMC Elsevier medRxiv and bioRxiv

基金支持

该数据库由国家生物信息中心（CNCB)/国家基因组科学数据中心(NGDC)建设，并获得中国科学院“十三五”信息化建设专项(XXH13505-05)、中国科学院地球大数据先导A类专项（XDA19090116，XDA19050302）、中国科学院基因组科学数据中心能力建设（0202）、中国科学院青年创新促进会、中国科学院关键技术人才等项目支持。

联系我们

国家生物信息中心 (CNCB) / 中国科学院北京基因组研究所 (BIG)
国家基因组科学数据中心 (NGDC)
电子邮箱: GWH@big.ac.cn
电话: +86 (10) 8409-7340 传真: +86 (10) 8409-7200
联系地址: 北京市朝阳区北辰西路一号院104号

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Song S, Ma L, Zou D, Tian D, Li C, Zhu J, et al. The global landscape of SARS-CoV-2 genomes, variants, and haplotypes in 2019nCoVR. Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 2020.https://doi.org/10.1016/j.gpb.2020.09.001.

Gong Z, Zhu J, Li C, Jiang S, Ma L, Tang B, Zou D, Chen M, Sun Y, Song S, Zhang Z, Xiao J, Xue Y, Bao Y, Du Z, Zhao WM: A coronavirus online analysis platform at the National Genomics Data Center. Zoological Research 2020, doi: 10.24272/j.issn.2095-8137.2020.065. [PMID=33045776]

Zhao WM, Song SH, Chen ML, et al. The 2019 novel coronavirus resource. Yi Chuan. 2020;42(2):212–221. doi:10.16288/j.yczz.20-030 [PMID: 32102777]

本信息库中分析所用的全基因组序列来自CNGBdb，GenBank，GISAID，GWH和NMDC数据库，感谢“基因组序列发布动态”页面中所列的样本提供和数据递交单位。

基于原始测序数据，我们对新冠病毒3个毒株Wuhan-Hu-1 (NC_045512.2)、WHU01和WHU02分别进行基因组拼接，经序列比较和共线性分析发现拼接结果与毒株序列基本一致，可确认这三个毒株基因组序列的准确性。此外，相比毒株Wuhan-Hu-1，WHU01和WHU02基因组序列两端缺少部分碱基序列，主要由于末端非编码区A碱基重复次数不同。

三个毒株序列共线性分析图