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国家生物信息中心
2019新型冠状病毒信息库

国家生物信息中心
2019新型冠状病毒信息库 (2019nCoVR)

Version 2.2
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最新进展
3170条新冠病毒基因组序列被检测到序列改变，2019nCoVR数据库中的序列质量评估、变异注释、单倍型网络分别做了更新。 [2020-08-14]
更新593个病毒株的采样时间 [2020-08-09]
SARS-CoV-2基因组注释工具上线 [2020-07-31]
1270条新冠病毒基因组序列被检测到序列改变，2019nCoVR数据库中的序列质量评估、变异注释、单倍型网络分别做了更新 [2020-07-05]
更新1369条基因组序列对应的病毒株名。 [2020-06-28]

2019新型冠状病毒序列

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病毒基因组单倍型网络

基于现有可获取的高质量新冠病毒基因组序列变异，分别构建世界及中国的核苷酸单倍型图谱。
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系统演化树

基于现有可获取的高质量新冠病毒基因组序列变异，采用贝叶斯进化分析构建系统演化树。
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S蛋白突变位点分析与结构展示

结合S基因的变异信息和S蛋白的结构信息，注释出引起氨基酸变化的突变位点在蛋白结构中的位置。
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变异位点动态曲线

NCBI冠状病毒科序列

2019新型冠状病毒 冠状病毒所有序列 冠状病毒全基因组序列 感染人的冠状病毒全基因组序列

权威机构

中国疾控中心 世界卫生组织（WHO） 美国疾控中心 中新网

科普知识

冠状病毒 2019新型冠状病毒 SARS病毒 MERS病毒

其他资源

2019新型冠状病毒 (PubMed) 2019新型冠状病毒 (EuropePMC) 冠状病毒知识服务平台 病毒数据资源与信息

基金支持

该数据库由国家生物信息中心（CNCB)/国家基因组科学数据中心(NGDC)建设，并获得中国科学院“十三五”信息化建设专项(XXH13505-05)、中国科学院地球大数据先导A类专项（XDA19090116，XDA19050302）、中国科学院基因组科学数据中心能力建设（0202）、中国科学院青年创新促进会、中国科学院关键技术人才等项目支持。

联系我们

国家生物信息中心 (CNCB) / 中国科学院北京基因组研究所 (BIG)
国家基因组科学数据中心 (NGDC)
电子邮箱: GWH@big.ac.cn
电话: +86 (10) 8409-7340 传真: +86 (10) 8409-7200
联系地址: 北京市朝阳区北辰西路一号院104号

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如果您有使用到任何我们网站的数据，请引用下面文献：:

Song S, Ma L, Zou D, Tian D, Li C, Zhu J, et al. The global landscape of SARS-CoV-2 genomes, variants, and haplotypes in 2019nCoVR. bioRxiv 2020

Gong Z, Zhu J, Li C, Jiang S, Ma L, Tang B, Zou D, Chen M, Sun Y, Song S, Zhang Z, Xiao J, Xue Y, Bao Y, Du Z, Zhao WM: A coronavirus online analysis platform at the National Genomics Data Center. Zoological Research 2020, doi: 10.24272/j.issn.2095-8137.2020.065. [PMID=33045776]

Zhao WM, Song SH, Chen ML, et al. The 2019 novel coronavirus resource. Yi Chuan. 2020;42(2):212–221. doi:10.16288/j.yczz.20-030 [PMID: 32102777]

本信息库中分析所用的全基因组序列来自CNGBdb，GenBank，GISAID，GWH和NMDC数据库，感谢“基因组序列发布动态”页面中所列的样本提供和数据递交单位。

基于原始测序数据，我们对新冠病毒3个毒株Wuhan-Hu-1 (NC_045512.2)、WHU01和WHU02分别进行基因组拼接，经序列比较和共线性分析发现拼接结果与毒株序列基本一致，可确认这三个毒株基因组序列的准确性。此外，相比毒株Wuhan-Hu-1，WHU01和WHU02基因组序列两端缺少部分碱基序列，主要由于末端非编码区A碱基重复次数不同。

三个毒株序列共线性分析图