北京基因组所开发完成植物RNA编辑体数据库PED

ADMIN  Feb 21, 2019


  近日,中国科学院北京基因组研究所生命与健康大数据中心开发了国际上首个植物RNA编辑体数据库—PED(Plant Editosome Database)。该库基于人工审编整合多种植物RNA编辑因子和大量RNA编辑事件等信息。研究成果以“Plant editosome database: a curated database of RNA editosome in plants”为题在国际学术期刊Nucleic Acids Research在线发表。

  RNA编辑在植物的生长、开花、细胞器发育、应激反应等过程中发挥重要作用。近些年来,大量RNA编辑因子被鉴定出来参与RNA编辑过程,它们会组合成复杂多样的编辑复合体(RNA editosome)并对特异的RNA位点行使编辑功能。虽然已存在几个整合RNA编辑位点信息的数据库,但目前仍缺少系统梳理整合植物RNA编辑因子的专门数据库。基于文献审编和植物细胞器基因组注释,PED全面整合了RNA编辑因子及相关数据,为研究人员提供关于植物RNA编辑的最新相关信息。

  目前,PED收录了在8种模式植物(拟南芥、水稻、玉米等)中发现的98个RNA编辑因子,描述信息包括RNA编辑因子注释,编辑因子与编辑位点相互作用,编辑因子对植物功能和表型影响以及详细实验证据等。此外,PED还整理了来自1,621种植物的20,836个RNA编辑事件,这些位点分布在203种细胞器基因上,涵盖1673个植物细胞器。

  PED数据库整合及标准化RNA编辑因子,RNA编辑事件及其相互作用等信息,为RNA编辑机制及RNA编辑系统进化研究奠定数据基础。此外,PED配备了界面友好的浏览、查询、筛选和下载功能,用户可以方便地从RNA编辑因子、RNA编辑事件、物种三个角度浏览并下载相关注释信息。

  该研究得到了中国科学院战略性先导科技专项、中国科学院国际合作计划、国家科技攻关计划等项目基金的资助。

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