基因组所与昆明动物所合作完成犬科数据整合与共享系统研发

ADMIN  Feb 21, 2019


  近日,由北京基因组所与昆明动物所合作开发的犬科动物数据库iDog正式上线。该项研究成果以“iDogan integrated resource for domestic dogs and wild animals”为题在国际学术期刊Nucleic Acids Research在线发表。iDog是第一个致力于家犬(Canis lupus familiaris)和野生犬科动物的综合性数据资源库,为全世界从事科研究的科研人员提供各种数据服务和在线分析工具。 

  家犬是自然界中种内遗传多样性最为丰富的物种之一,也是许多人类遗传病的基础研究模型。近年来,随着基因组学技术发展,越来越多犬种的基因组被解析,犬基因、SNP、品种、疾病、基因表达等生物数据也被大量发布但尚未有提供犬类完整数据服务的数据库,该类研究带来不便。 

  北京基因组研究所联合昆明动物所合作开发iDog数据库系统,整合丰富的犬科多组学数据,提供统一的数据共享服务。同时,还整合了序列比对工具用于线上数据分析以及基因组浏览器用于数据可视化解析。iDog的建立不仅有利于全球范围内犬科动物的研究,同时还为大量的爱狗人士提供了一个用户友好的界面查找相关宠物狗信息。 

  iDog具有良好的可拓展性和持续性,主要包含基于127个家犬样本基因组重测序数据产生的变异信息数据库、含有32220个基因的犬科动物基因数据库、基于RNA-Seq测序数据的基因表达数据库、犬科动物相关疾病的文献数据库、人-狗疾病同源信息数据库、犬科动物基因组拼接数据库等。iDog将在持续整合更多的组学数据,在Dog10K项目的背景下,更新高质量的数据集,逐步转化成犬科动物基础研究的信息知识宝库。 

  该项目得到了中国科学院战略性先导科技专项、国家自然科学基金、国家重点研发计划等基金资助。 

  论文链接 

   iDog系统的数据资源